Volgens de notities, waarvan nog niet bevestigd is dat ze echt zijn, zou de game in het begin te moeilijk zijn en te weinig RPG-elementen bevatten. Marketingmanager van de studio, Matthew Rorie, reageerde op deze aantijgingen op de website van Shacknews: "We weten niet zeker hoeveel de persoon in kwestie van Alpha Protocol gespeeld heeft, of wat zijn idee van een RPG is. Onnodig om te zeggen, het spel is 100% zeker een RPG, we maken eigenlijk geen ander soort spellen."
Rorie gaat verder: "Je verdient XP, je gaat in level omhoog, je bepaalt zelf je vaardighedenprogre ie, je past je wapens aan, je hebt interactie met niet speelbare personages, de wereld reageert op de keuzes die je maakt op soms dramatische wijze en ga zo maar door."