De game was vijf jaar in ontwikkeling, waarvan twee jaar besteed werd aan "diverse experimenten". Deze testperiode was volgens Miyamoto noodzakelijk. "Soms wordt tijdens de ontwikkeling duidelijk dat een project niet zo verloopt als gepland, of niet zo leuk blijkt te zijn als verwacht. Deze Zelda had een paar van die problemen. Mensen vroegen zich af wie het Zelda-vervolg echt wilde maken – of het vanuit een bedrijfsstandpunt noodzakelijk was of dat ik zei 'laten we het doen'."

Miyamoto stelt dat hij het belangrijk vond dat de basis van de game in orde was, voordat hij besloot of hij er een Zelda-game van wilde maken. "Voor ons bieden games een bepaalde spelstructuur en als je een vervolg maakt moet je de basis van het project willen verbeteren, versterken en uitbreiden. Op een extreme manier gesteld is het voor mij ideaal om de basisstructuur tot een bepaald punt op te bouwen en vervolgens pas te beslissen of het een Zelda- of een Mario-game wordt. Het is net als het bouwen van een motor en een chassis om daarna pas te beslissen voor wat voor auto je het wilt gebruiken."