Nintendo onthulde de amiibo-ondersteuning van de game door middel van twee tweets. De eerste tweet liet een foto zien van de amiibo van Mario en Bowser die ervoor kunnen zorgen dat de Mech van de speler in de kleuren van Mario of Bowser verandert. Deze kunnen gebruikt worden in de multiplayermodus Blast Ball.
De tweede tweet bevat een foto van de amiibo van Samus and Zero Suit Samus. Nintendo belooft daarnaast nog meer handige in-game upgrades tijdens de campagne.
Bij de onthulling van Metroid Prime: Federation Force werd gemengd gereageerd door de fans. Metroid Prime: Federation Force komt op 2 september in Europa voor de 3DS uit.