Volgens Kojima ligt de moeilijkheid hem in het feit dat Metal Gear Solid 5: The Phantom Pain zich chronologisch gezien tussen andere delen van de serie afspeelt. "Ik ben er behoorlijk zeker van dat de jongens bij Star Wars tegen hetzelfde aanlopen. Wanneer je iets probeert te schrijven dat bedoeld is voor ergens in het midden, dan zullen er wat inconsistenties zijn als je naar de kleine details gaat kijken.

Chronologisch gezien vindt Metal Gear Solid 5 plaats na de gebeurtenissen uit Metal Gear Solid 3 en voor die uit de eerste Metal Gear Solid-game. In aanloop naar het vijfde deel verschijnt eerst nog Metal Gear Solid: Ground Zeroes, een proloog voor Xbox 360, PlayStation 3, Xbox One en PS4 die spelers bekend moet maken met de openwereldgameplay van The Phantom Pain.