In het interview met Joystiq zei Ito: "Het verhaal en de basis van de gameplay zijn uit Mega Man 2 gehaald, zodat spelers [via Megaman Universe] Mega Man 2 kunnen ervaren. Wat we eigenlijk gaan doen is deze basis zo goed mogelijk naar het nieuwe uiterlijk omzetten. Zo kun je de levels spelen zoals ze zijn, of je kunt verschillende delen, of alles, naar eigen idee aanpassen, mocht je daar zin in hebben, dus eigenlijk kun je doen wat je wilt."

Mega Man Universe is het nieuwste deel in de serie en biedt spelers veel vrijheid in het naar eigen wens aanpassen van het Mega Man-universum. Het spel wordt uitgebracht voor PlayStation Network en Xbox Live Arcade.