Games afkomstig van Hideo Kojima (geestelijk vader van de Metal Gear en Zone of the Enders reeksen) staan altijd garant voor de nodige leuke easter eggs: kleine, vaak visuele verrassingen of grapjes die vooral voor de fans van de developer dan wel gamereeks leuk zijn om te zien. Ook in MGS: The Twin Snakes blijkt dit het geval te zijn en niet verrassend genoeg hebben ze te maken met het platform waar de game op zal verschijnen, de Nintendo GameCube.

Zo zijn er enkele foto's van Alex Roivas te vinden. De heldin uit GameCube game Eternal Darkness, welke hoofddeveloper Silicon Knights al eerder had afgeleverd. Er is daarnaast een computer in de game te vinden die de officiële site van deze game op het scherm heeft staan. Daarnaast is er een heuse GameCube met Wavebird te vinden in de game welke ook beschoten kan worden, evenals een beeldje van Mario en Yoshi. Voor alle screenshots van deze easter eggs kun je IGN bezoeken. Mensen met een Insider lidmaatschap kunnen daar tevens een filmpje downloaden die de eastereggs in beweging laat zien.