Ion Storm heeft bekend gemaakt dat er een grote bug in de Amerikaanse winkelversie van Thief 3 is geslopen. Wanneer je namelijk op de hoogste moeilijkheidsgraad speelt zal het niveau teruggezet worden naar de gemiddelde moeilijkheidsgraad wanneer je een gesaved spel inlaadt tijdens het spelen, of wanneer je een reeds bezocht gebied opnieuw bezoekt. Het verschil tussen de expert en normale moeilijkheidsgraad is aanzienlijk:Specifically, the bug affects AI-controlled characters' awareness and combat. Instead of being alerted by moved objects or inflicting severe damage, AI characters will be the semi-unaware, punch-pulling opponents from the second-lowest difficulty level. Apparently, the glitch is caused by an error in the DEFAULT.INI file which resets the multipliers that increase the affected values. De bug is zowel in de PC als Xbox versie aanwezig. Voor de PC versie is het niet zo ingewikkeld om een patch te maken, bij de Xbox versie is dit echter andere koek. Thief 3 ondersteunt namelijk geen Xbox Live, wat patchen zo goed als onmogelijk maakt. Ook voor de PC versie zit er echter een addertje onder het gras: een groot deel van het ontwikkelteam is immers al ontslagen door Eidos. Onbekend is of de bug ook in de Europese versie van het spel, die binnenkort zal verschijnen, aanwezig zal zijn.