Op het moment dat de game geinstalleerd wordt, moet men eenmalig een activeringsproces doorlopen. Er kunnen in totaal vijf installaties van Alpha Protocol actief zijn. Op het moment dat een speler de game op meer systemen wil installeren, moet één van de installaties worden gedeactiveerd. Er zit geen limiet aan het aantal keren dat dit proces kan worden doorlopen.

Zonder licentie

Wanneer Alpha Protocol geactiveerd is, kan de gamedisc worden opgeborgen en hoeft deze niet meer in de dvdspeler te zitten. Sega meldt dat na ongeveer 18 tot 24 maanden Alpha Protocol een patch krijgt waardoor deze werkt zonder 'license management'. "We kunnen nog geen specifieke datum geven, maar we zullen net als voor Football Manager 2009 een patch uitbrengen die de beveiliging weghaalt", aldus een blogpost van uitgever Sega.

Football Manager 2009 gebruikte ook de Uniloc DRM, maar leverde voor veel gamers problemen op. Het was voor spelers gedurende een tijd onmogelijk om hun game te activeren.