Het verhaal van Banjo Tooie speelt zich twee jaar na de gebeurtenissen van het origineel af, wanneer de twee zussen van verslagen heks Gruntilda haar weer in elkaar willen zetten. Aan het platformduo de nobele taak om dit te voorkomen. Banjo Tooie verscheen in 2000 al op de Nintendo 64 en is voor de nieuwe release opgepoetst. Vanaf vandaag is de game beschikbaar op Xbox Live Arcade voor 1200 Microsoft points.