In Alpha Protocol kruipt de speler in de huid van geheim agent Michael Thorton. Deze agent bezit nog niet veel ervaring, maar daar moet gedurende de game verandering in komen. Uniek is dat de game schijnbaar is uit te spelen zonder iemand te doden.

De spionage-RPG van Obsidian werd al eerder een aantal keren uitgesteld. Zo stond hij eerder in de planning voor 2009. Een reden voor het uitstel is door uitgever Sega nooit gegeven.