Het eerste tijdperk dat Cortez zal bezoeken is 2401, zijn eigen tijdperk. Na de time crystals te hebben gevonden, is hij onderweg naar zijn thuisbasis, in de hoop het conflict met de timesplitters eindelijk te kunnen beëindigen. Onderweg wordt zijn schip echter neergeschoten en komt hij erachter dat Spacetime Marine HQ wordt belegerd door de timesplitters en een stel van hun mysterieuze vrienden. Tijd dus voor Cortez om zich een weg door deze figuren te vechten om zijn vrienden te ontzetten.

Het wapentuig in 2401 zal, zoals te verwachten viel, zeer futuristisch zijn. Cortez mag aan de slag met laserpistolen, een laser snipergeweer en een laser turret, om een frontale aanval van timesplitters af te weren. Hij wordt hierin bijgestaan door andere marines, die weliswaar niet in de buurt van zijn expertise komen, maar toch een nuttige ondersteuning zijn tegen de overmacht aan vijanden.

Na enigszins orde op zaken te hebben gesteld in 2401, krijgt Cortez een nieuwe opdracht; uitzoeken waar de timesplitters en time crystals vandaan komen in de hoop met deze informatie de mensheid te laten overleven. Eerste tu enstation op deze reis is een Schots eiland in 1924. In plaats van rustig uit te kunnen zoeken wat er aan de hand is, komt Cortez middenin een grote slag tu en de Britse Navy en een onbekende macht terecht. Terwijl het kasteel om hem heen in puin wordt geschoten, gaat Cortez op onderzoek uit.

Hij staat er echter niet helemaal alleen voor. Al snel loopt hij de overdreven Britse Captain Ash tegen het lijf, die ook zo zijn redenen heeft om het kasteel binnen te dringen. Het wapentuig dat Cortez hiervoor gebruikt is uiteraard een tikkeltje primitiever dan in 2401; Luger pistolen, machinegeweren en granaatwerpers zijn echter nog altijd uiterst effectief in het omleggen van vijanden. Cortez zal nog wel altijd de beschikking hebben over één high-tech gadget: zijn Temporal Uplink Device. Dit apparaat kan gebruikt worden om net als bij de gravity gun van Half-Life 2 met voorwerpen te gooien, maar doet tegelijkertijd ook dienst als holografische kaart.

Vanuit het jaar 1924 achtervolgt Cortez zijn mysterieuze vijand en komt zo in het jaar 1969 terecht, het tijdperk van de funky geheim agenten. Hij komt dan ook al snel Harry Tipper tegen, naar eigen zeggen een super geheim agent, die bezig is om zowel de wereld als zijn vriendin te redden van een crimineel die een derde wereldoorlog probeert te ontketenen. Cortez en Harry moeten eerst een afgelegen Sovjet rangeerterrein oversteken, om vervolgens op een rijdende trein met de dreiging af te rekenen.

Een derde wereldoorlog voorkomen met een Luger is toch iets teveel van het goede, dus het wapenarsenaal in 1969 wordt drastisch uitgebreid. Zo kan Cortez onder andere aan de slag met een AK-47, een shotgun en een rocket launcher. Wapentuig dat hij ook zeker nodig zal hebben, om onder andere een uitermate irritante en dodelijke helikopter uit de lucht te schieten.